Разные источники сообщают разные даты рождения Шрилы Вишванатхи Чакраварти. Согласно энциклопедии «Гаудия-вайшнава Абхидана», Чакраварти Тхакур явился в этот мир в 1654 году эры Шака (т.е.1642 г. н.э.). Согласно Шьмалале Госвами, он родился в 1626 году. Мурарилал Адхикари в своём труде «Вайшнава-дигдаршани» указывает 1646 год, а Мадхусудана Таттвавачаспати высказывает предположение, что Вишванатха родился в 1633-1638 годах.

Местом рождения святого была деревня Прасиддха Деваграм в округе Надия Западной Бенгалии. Отец его был потомственным брахманом из Радха-шрения-випра-кулы – брахманской общины, обосновавшейся в Радхадеше, и звали его, согласно «Вайшнава Абхидану», Раманараяна Чакраварти. Имя его матери неизвестно. Известно, что у Вишванатхи Чакраварти было двое старших братьев: Рамабхадра и Рагхунатха. Рамабхадра был известным эрудитом и богословом, учеником Гопиканты, который был сыном Харирамачарьи — ученика Рамачандры Кавираджа. Второй брат, Рагхунатха, также был известным учёным. Самого будущего ачарью при рождении нарекли Вишванатхой. Согласно преданию, когда он родился, тело его излучало яркий свет, который заливал всю комнату.

Детство Вишванатха провел в доме отца, в Деваграме. Рассказывают, что, когда он был ещё подростком, их деревню посетил известный учёный брахман. Все местные пандиты побоялись вступить с ним в философскую дискуссию, однако Вишванатха вышел вперёд и в завязавшемся диспуте одержал вверх над знаменитым ученым.

Завершив обучение, т.е. усвоив начала логики, санскритскую грамматику, поэтику и риторику, Вишванатха переехал в Саидабад (округ Муршидабад Западной Бенгалии). Там, в доме своего духовного учителя Радхарамана Чакраварти, он изучал священные писания о преданном служении Господу Кришне.

Вишванатха женился в довольно раннем возрасте (брак, по просьбе отца, устроил его брат Рагхунатха), однако никогда не испытывал привязанности к семейной жизни и довольно скоро оставил семью и ушел в паломничество во Вриндаван. Говорят, что он привил своей жене вкус к чтению и изучению «Бхагаватам» и перед тем, как покинуть дом (а это случилось почти сразу после завершения обучения и дикши), советовал ей посвятить свою жизнь поклонению Господу.

Придя во Вриндаван, Вишванатха поселился на берегу Радха-кунды, в бхаджан-кутире Шрилы Кришнадасы Кавираджа Госвами, вместе с учеником последнего, чье имя было Мукунда Дас. Там он полностью погрузился в изучение книг Госвами Вриндавана. Примерно в это же время Вишванатха посетил Патаданджу и установил там Божество Господа Гопала.

Однажды по указанию своего гуру Вишванатха навестил жену, с которой провёл только одну ночь, в течение которой она не услышала от него ничего, кроме рассказов о Кришне. На следующее утро он опять оставил дом и вернулся к духовному учителю, который поручил ему переписать весь текст «Бхагавата-пураны». У Мукунды Дасы было несколько книг, которые он начал писать, но не закончил. Заметив великую преданность и эрудицию Вишванатхи, Мукунда поручил ему довести эту работу до конца.

Рассказывают, что однажды Кришна явился Вишванатхе во сне и приказал ему написать комментарии на книги вриндаванских Госвами. Вишванатха тут же приступил к работе. Всякий раз, когда он садился писать, облака тут же закрывали его от палящего солнца. Однажды сильнейший ливень обрушился на то место, где Вишванатха писал комментарий на «Бхагавата-пурану». Чудесным образом ни одна капля не упала ни на него, ни на рукопись.

За его заслуги преданные наградили Вишванатху титулом «Чакраварти». Обычно так называют императора – того, кто поддерживает (варти) круг (чакра) влияния. Во введении к «Свапна-Виласамрите», написанной Вишванатхой Чакраварти, раскрывается эзотерический, духовный смысл его имени. «Того, кто демонстрирует преданность Вишванатхе, Господу Вселенной, подобную драгоценному камню, и расширяет круг бхакти, называют “Чакраварти”».

Вишванатха Чакраварти преклонялся перед служением и преданностью Нароттамы Даса Тхакура, которого называли Расика-раджей, «Царем расика-бхакт». Однако при жизни Вишванатхи Чакраварти нашлись люди, которые посмели приписать ему собственные извращенные представления о природе божественной расы и, будучи неспособны понять духовный характер деятельности Тхакура Махашайи, «наградили» его титулом «Сахаджия-кула-бхушана» (т.е. «Украшение семьи сахаджиев»). Шрила Чакраварти Тхакур, нетерпимый к подобным явлениям, вступился за ачарью и сумел защитить его имя от лжи псевдо-вайшнавов.

Живя во Вриндаване, Вишванатха поклонялся Божествам Радхи-Гокулананды и Говардхана-шиле, которой до него служили Господь Чайтанья, Рагхунатха Дас Госвами, Кришнадас Кавираджа, Мукунда Дас и Кришнаприя Тхакурани (в наши дни эта Говардхана-шила находится в храме Радхи-Гокулананды во Вриндаване). Он заново назначил пуджари для поклонения Божествам в разных местах Вриндавана, инициировал восстановление многих разрушенных храмов и монастырей и сам основал несколько матхов. Он написал простые и ясные комментарии к трудам госвами, и представил некоторые из них в сокращённом виде, чтобы другие могли без труда постичь их смысл. Последний свой большой труд, «Сарартха-даршини», Шрила Чакраварти Тхакур завершил уже в преклонном возрасте. Судя по всему, он покинул этот мир прожив около семидесяти лет. Самадхи его расположено во дворе храма Радхи-Гокулананды во Вриндаване. В Кришна-лиле Вишванатхи Чакраварти служит Шримати Радхарани как Винода-манджари.