Философия Шанкарачарьи незначительно отличается от буддизма. Буддисты утверждают, что индивидуальной души нет, т.е. отвергается сама идея существования неизменного индивидуума. Шанкарачарья тоже отрицает существование неизменной индивидуальной души, но признаёт существование Брахмана — сознательного начала, которое он называет высшей реальностью. Согласно Шанкаре, само по себе сознание реально, но сознание отдельного существа — иллюзия. На его взгляд, индивидуальная душа — лишь отражение сознательного начала, которое и есть высшая реальность. С разрушением психического тела исчезает сознание души как нечто индивидуальное: оно не существует на высшем уровне реальности.

Он приводит пример Луны и её отражения в зеркале. Нет зеркала — нет отражения. По его мнению, индивидуальные души представляют собой лишь отражение единого источника сознания (Брахмана). Итак, Шанкарачарья утверждает, что индивидуальные души едины и неотличны от Брахмана.

Однако Шри Чайтанья Махапрабху истолковывает это положение Веданты иначе. В отличие от Шанкарачарьи он призывает принять ведическую истину целиком, а не частично. Шанкарачарья признавал только отдельные афоризмы Вед, которые лишь отчасти представляют истину. Он выбрал из Вед четыре изречения: ахам брахмасми (я — Брахман), тат твам аси (ты суть то), со 'хам (я — тот), сарвам кхалв идам брахма (все есть Брахман). Шри Чайтанья растолковал афоризм «сарвам кхалв идам брахма» следующим образом. Согласно Шанкаре, всё едино. Он говорит: брахма сатьям джаган митхйя; дух — истина, мир — ложь. Шанкарачарья утверждает, что брахма (дух) существует, а сарва (всё) — нет. Если это так и всё едино, то к чему вопросы о бытии и небытии?

На самом деле изречение сарвам кхалв идам брахма означает не «всё есть Брахман», а «всё есть, Брахман есть». Существует всё — сарвам и дух — брахма. Отсюда следует, что существует множество и один. Другими словами, множество и единство.

Кроме того, если всё едино, возникает вопрос, к кому обращена эта фраза? Очевидно, что Веды обращаются не сами к себе! Существует относительное и абсолютное. Об этом говорится и во втором изречении тат твам аси — «ты суть тот». Значит, существует тат — тот и твам — ты. Тат твам аси указывает на наличие единства и разнообразия. Но Шанкара признаёт первое и отрицает второе. Таким образом, он неверно истолковывает изначальный смысл Веданта-сутры. Его объяснения нельзя считать непредвзятыми, поскольку под видом Веданты он излагает собственные идеи, поверхностные и однобокие.

Шри Чайтанья Махапрабху указывал на несовершенство философии Шанкарачарьи, и у нас нет оснований доверять ей. Если принять интерпретацию Вед Шанкарачарьей, то вряд ли можно объяснить следующее высказывание Упанишад: йато ва имани бхутани джайанте йена джатани дживанти, «Абсолютная Истина — это Тот, из Кого исходит всё сущее, Кто всё поддерживает, в Ком всё существует и находит прибежище во время всеобщего уничтожения». Как это объяснить? Разве здесь говорится, что Абсолютная Истина лишена разнообразия? Смысл этих слов совершенно очевиден.

Шри Чайтанья Махапрабху опроверг идеи Шанкарачарьи с помощью обычного здравого смысла. Этим отличалась его аргументация. Махапрабху вообще побеждал оппонентов, не прибегая к сложным отвлечённым построениям.

Когда Шри Чайтанья хотел продемонстрировать превосходство Нараяны над Шивой, он в качестве довода привёл пример Ганги. Её омывают стопы Нараяны и стекают на голову Шивы. Так с помощью здравого смысла можно понять, кто из них занимает более высокое положение. Когда Шри Чайтанья хотел показать превосходство Кришны над Нараяной, он привел пример с Лакшми-деви, которая, будучи вечной спутницей Нараяны, всегда ищет общества Кришны. Она обладает всеми мыслимыми и немыслимыми богатствами, но при этом жаждет общества Кришны. С другой стороны, подружки Кришны, гопи, равнодушны к Нараяне. Если им доведется встретиться с Нараяной они молят Его даровать им ещё большую преданность Кришне.

Таким образом, о природе реальности проще судить с помощью здравого смысла и прислушиваясь к внутреннему голосу. Голос сердца гораздо вернее туманных рассуждений. Это подтверждает Веданта: тарко-пратиштанат — логика не ведёт к истине. Здравый смысл и голос сердца гораздо надёжнее. Этому учит Шри Чайтанья, который одолел многих учёных, включая великого и непобедимого Дигвиджая-пандита из Кашмира.