Джаганнатха Мишра родился в брахманской семье в бенгальской деревне Южная Дхака (ныне в округе Силхет, Бангладеш). В юности Джаганнатха Мишра пришёл с целью учёбы в Навадвипу, где женился на Шачидеви, дочери известного брахмана-учёного Навадвипы Ниламбары Чакраварти, после чего навсегда поселился на берегу Ганги в Маяпуре. Джаганнатха Мишра был бедным брахманом и поддерживал свою семью, собирая подаяния. У Джаганнатхи Мишры и его жены Шачидеви родилось восемь дочерей, и все они умерли в раннем возрасте, после чего чета посвятила себя воспитанию двух оставшихся в живых сыновей, Вишварупы и Вишвамбхары. Вишвамбхара был десятым, самым младшим ребёнком. Позднее он стал известен как Нимай Пандит, а затем, после принятия санньясы — как Чайтанья Махапрабху.

Перед тем как прийти в образе Господа Чайтаньи, Шри Кришна попросил воплотиться на Земле следующих преданных: Шри Шачидеви, Джаганнатху Мишру, Мадхавендру Пури, Кешаву Бхарати, Ишвару Пури, Адвайту Ачарью, Шривасу Пандита, Ачарьяратну, Видьянидхи и Тхакура Харидаса.

Вне себя от радости рождения своего дорогого сына, Шри Джаганнатха Мишра провел большой фестиваль и пышный пир на следующий день после рождения ребенка (называемый сейчас праздником Джаганнатха Мишры). Девы с небесных планет приняли облик жён брахманов и приходили к нему в дом, чтобы поклониться младенцу. Следуя традиционным обрядам, они подносили Нимаю дары, прикасались травой куша к его лбу, осыпали его рисом с куркумой. Малини, супруга Шривасы Тхакура, вместе с другими женщинами, охваченные ликованием, пришли туда, чтобы поклониться младенцу, поднося Ему киноварь, куркуму, масло, воздушный рис, бананы и кокосы.

Сита Тхакурани, жена Адвайты Ачарьи, нарекла Господа именем Нимай, так как он родился под деревом ним. Говорят, что ним защищает от ведьм и колдунов. Злые духи также не могут находиться рядом с этим деревом. Таким образом, Сита Тхакурани дала Господу имя «Нимай», чтобы ничто не могло причинить ему вреда. Другие стали звать его «Гаурахари», Золотой Господь, потому что он излучал необыкновенное свечение и кожа его была оттенка расплавленного золота.

Так Шачидеви и Джаганнатха Мишра обрели сына, который был ни кем иным, как супругом богини процветания, и потому все их желания исполнились. В их доме всегда было вдоволь зерна и денег. Глядя на свое любимое дитя, Шри Чайтанью Махапрабху, они день ото дня становились всё счастливей. С тех пор этот праздник ежегодно отмечается вкушением вкусного прасада.