Манохара Даса Бабаджи ранее звали Махендра. Он родился в 1847-м году в деревне Мадхава-пура в районе Надия. Его мать Пьяри-сундари умерла, когда ему исполнилось шесть лет, а отец Шри Бхоланатха Адхикари скончался в день тринадцатилетия сына. После смерти отца он принял дикша-мантру от Нандакишора Госвами, потомка Шри Адвайтачарьи. Махендра любил учиться с самого детства. Он завершил начальное образование в школе в Мадхавапуре. После инициации юноша пришёл в Навадвипу, чтобы изучать грамматику санскрита, аланкару, философию ньяя и даршану сперва у Випиначандры Бхаттачарьи, а затем у Кришначандры Смритиратны.

В 1881-м он пришёл во Вриндаван, где пять лет изучал бхакти-шастры у Гопилала Госвами Прабху из храма Шри Радхараман, и с пользой проводил время в компании сиддха махатм, таких, как Баларама Дас Бабаджи из Джанумандалы, Джагадиша Дас Бабаджи из Калиядаха и Ниьтянанда Дас Бабаджи из Маданамохан Тхора. Затем молодой Баба практиковал бхаджан на Кусум-сароваре, в Камьяване и Нандаграме.

В 1893-м году он услышал во сне, как кто-то сказал ему идти жить у подножью Гирираджа на Говиндакунде. С тех пор Баба стал жить в кутире под баньяновым деревом в саду на Говиндакунде. В то время сидха Шри Рамакришна Дас Пандит Бабаджи жил в Пучхари, на расстоянии около одной с половиной мили от Говиндакунды. Когда он ходил в деревню Анийор, то часто навещал Манохара Даса на Говиндакунде и наслаждался с ним беседами на различные темы, связанные с лилами Радха-Кришны.

В 1915-м году Манохара Дас Баба соорудил пещеру на Говиндакунде и совершал в ней бхаджан в течение всего дня, только вечером выходя за пищей. Он всё время был занят в лила-смаранам и нама-джапе. Джапа и смаранам продолжались даже ночью. Баба очень мало спал, возможно, всего лишь один или два часа. Он повторял Харинаму не меньше семи лакхов в день. Его едой были только пресные лепёшки и суп из горьких листьев дерева ним. Позднее он перестал есть лепёшки и пил каждый день только немного молока.

Отшельник избегал общества людей и почти не разговаривал. Его украшением было безграничное смирение. Он кланялся всем без разбора, и в разговоре всегда представлял себя в дурном свете. Его концентрация в бхаджане была настолько сильна, что он почти не осознавал своё тело. Садху на Говардхане использовали москитные сетки, чтобы защититься от комаров, но когда они стали настаивать в том, чтобы и Баба пользовался сеткой, тот резюмировал: «Москиты не приносят нам никакого вреда. Они только помогают нам делать бхаджан тем, что не дают спать».

Как-то зимой во Врадже было так холодно, что температура опустилась ниже нуля. Баба имел только одеяло из обрезков разных тканей, чтобы укрываться. Ночью его тело замёрзло и стало мешать делать бхаджан. Разозлившись на него, он выбежал и нырнул в ледяную воду Говиндакунды. Навадвипа Дас Баба, кто жил с ним рядом, спросил его на следующий день, зачем он купался в озере ночью. Баба ответил: «Моё тело стало требовать больше одежды, и я приучал его к дисциплине». Навадвипа Дас Баба посоветовал: «В сильные холода необходимо укрываться шерстяным одеялом». «Вайраги, кто отрёкся от мира, не пользуется дорогими вещами», — парировал Баба. Искренняя и непоколебимая привязанность Бабы к бхаджану и полное безразличие к телу стали общеизвестны. У него обычно было непосредственное восприятие Кришна-лилы. Он написал книгу, обсуждающую развлечения Кришны, называемую «Вайдагдхи виласа» и книгу «Намаратна-мала» о Харинаме.